Thermo Fisher Scientific Sequencing Analysis Software ユーザーガイド

Applied Biosystems

DNA Sequencing Analysis

Version 5.1 for Windows® XP and 2000

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Applied Biosystems DNA Sequencing Analysis v5.1 iii

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1

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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-3

Sequencing Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-4

Sequencing Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-8

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-11

310 DyeSet/Primer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-16

377 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-21

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-23

Sequencing Analysis Primer Express . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-24

2

Sequencing Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-2

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-2

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3Sample Manager

Sequencing Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-2

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-4

Analysis Defaults . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-5

Sample Manager . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-9

Sample Manager . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-11

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-13

Annotation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-14

iv Applied Biosystems DNA Sequencing Analysis v5.1

Sequence . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-16

Feature . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-18

Electropherogram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-19

Raw . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-22

EPT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-24

Audit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-26

4

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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-4

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-6

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-7

Clear Range . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-7

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-10

Electropherogram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-11

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-12

Quality Value . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-13

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-14

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-15

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-17

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-21

5Sample Manager

Sample Manager . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-2

Show . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-4

Sample File Name . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-5

Sample Name . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-5

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-6

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-9

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-15

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-17

Sample Manager . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-18

Analysis Protocol . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-21

6Quality Value

Quality Value . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-2

Quality Value . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-4

Quality Value . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6-7

Applied Biosystems DNA Sequencing Analysis v5.1 v

7

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-2

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-6

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-7

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7-9

8Analysis Protocol Analysis Defaults

Analysis Protocol . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-2

Analysis Protocol . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-3

Analysis Protocol . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-11

Analysis Protocol . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-15

Data Collection Sequencing Analysis Analysis Protocol . . 8-16

Analysis Defaults . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-17

Analysis Defaults . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-19

Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-21

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-26

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-26

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-27

Analysis Protocol . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8-28

9Display Settings

Display Settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9-2

Bases . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9-3

Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9-6

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9-8

Display Settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9-9

10 Matrix Maker

Sequencing Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10-2

Data Collection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10-5

11 310

310 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11-2

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11-3

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11-6

vi Applied Biosystems DNA Sequencing Analysis v5.1

Applied Biosystems DNA Sequencing Analysis v5.1 vii

Applied Biosystems DNA Sequencing Analysis Software v5.1 User Guide

DNA

•Microsoft

® Windows® XP Windows® 2000

•DNA

•

0 [Enter]

•

• (>)

File > Open > Spot Set

View Filter > View All Runs

•

(Start Analysis)

viii Applied Biosystems DNA Sequencing Analysis v5.1

Applied Biosystems 2

Control Console

Oracle

ID

1 96 1 Sample

Entry

Applied Biosystems Sequencing Analysis Software v5.1 Quick Reference Card

PDF

Applied Biosystems Applied Biosystems Sequencing Analysis Software v5.1

CD

ix

Applied Biosystems

jptechsupport@appliedbiosystems.com

Applied Biosystems DNA Sequencing Analysis v5.1 ix

http://www.appliedbiosystems.co.jp

•FAQ

•

• Applied Biosystems MSDS

•PDF

•

Applied Biosystems

x Applied Biosystems DNA Sequencing Analysis v5.1

Applied Biosystems DNA Sequencing Analysis v5.1 xi

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xii

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xii Applied Biosystems DNA Sequencing Analysis v5.1

Applied Biosystems 4

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2

Applied Biosystems DNA Sequencing Analysis v5.1 xiii

Applied Biosystems

2

•

• 1

•

xiv Applied Biosystems DNA Sequencing Analysis v5.1

1

Applied Biosystems DNA Sequencing Analysis v5.1 1-1

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-2

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Sequencing Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1-4

Sequencing Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1-8

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1-11

310 DyeSet/Primer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-16

377 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1-21

. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1-23

Sequencing Analysis Primer Express . . . . . . . . . . . . . . . . . .1-24

1

1-2 Applied Biosystems DNA Sequencing Analysis v5.1

FSoftware Warranty Information

ABI PRISM® Sequencing Analysis v5.1

Applied Biosystems

Sequencing Analysis v5.1

:

Applied Biosystems DNA Sequencing Analysis v5.1 1-3

Sequencing Analysis

• Applied Biosystems 3730/3730xl DNA Analyzer ABI PRISM® 3100/3100-Avant

Microsoft® Windows® 2000 Data Collection

2.0

•ABI PRISM® Microsoft® Windows® XP

2000

•

Windows XP / Windows 2000

Sequencing Analysis v5.1

:\AppliedBiosystems\SeqA5.1

Applied Biosystems

• Sequencing Analysis

• D:\AppliedBiosystems

D C:\AppliedBiosystems

1-1

CPU 733 MHz Pentium® III IV

Intel Xeon®

CD-ROM

Windows XP Service Pack 1 Windows 2000 Service Pack 3

RAM 512 MB

HP® 4600 8100 990cxi Epson® 980

17

1024 x 768

1 GB Sequencing

Analysis v5.1 75 MB

Sequencing Analysis

1

1-4 Applied Biosystems DNA Sequencing Analysis v5.1

Sequencing Analysis

1. 1-3

2.

3. Applied Biosystems 3730/3730xl Data Collection ABI PRISM®

310/3100-Avant Data Collection

Applied Biosystems 3730/3730xl DNA Analyzer ABI PRISM® 310/3100-Avant

Sequencing Analysis

v5.1 Data Collection

Data Collection Sequencing Analysis

Data Service

Sequencing Analysis v5.0

Sequencing Analysis v5.1 v5.0 5.1

Sequencing Analysis v3.7

Sequencing Analysis v5.1

Sequencing Analysis

Applied Biosystems DNA Sequencing Analysis v5.1 1-5

Sequencing Analysis Sequencing Analysis CD-ROM

1. Windows XP / Windows 2000 Sequencing Analysis

v5.1 CD-ROM CD

2. Next

3. License Agreement Ye s

4. Information ReadMe Next

1

1-6 Applied Biosystems DNA Sequencing Analysis v5.1

5. Choose Destination Location Next

.

6. Current Settings Next

7. Finish

Start Sequencing Analysis 5.1

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