Thermo Fisher Scientific ABI PRISM SeqScape Software 取扱説明書

Tutorial

Chapter 10

ABI PRISM®

SeqScape® Software

Version 2.x

For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.

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Part Number Part Number 4338877 Rev B

09/2003

ABI PRISM SeqScape v2.x iii

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2Project Template

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Project Template . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-2

Project Template . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-2

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RDG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-8

RDG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-10

RDG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-10

Analysis Defaults . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-11

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iv ABI PRISM SeqScape v2.x

Clear Range . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-14

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Analysis Protocol . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-15

Analysis Defaults . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-17

Display Settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-17

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Project Template . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-18

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Analysis QC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-2

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Clear Range . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-11

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Library Search . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-14

Library Identification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-16

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ABI PRISM SeqScape v2.x v

A Software Warranty Information

Computer Configuration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-2

Limited Product Warranty . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-2

Limited Warranty . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-2

Warranty Period Effective Date . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-2

Warranty Claims . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-2

Warranty Exceptions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-2

Warranty Limitations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A-3

vi ABI PRISM SeqScape v2.x

ABI PRISM SeqScape v2.x vii

ABI PRISM® SeqScape® v2.x

CD-ROM HLA-

C

SeqScape

• SeqScape

Administrator

• Quick Reference Card

Microsoft Windows®

viii ABI PRISM SeqScape v2.x

•

0 [Enter]

•

• (>)

–File > Open > Spot Set

–View Filter > View All Runs

Applied Biosystems 2

Control Console

Oracle

ID

1 96 1 Sample

Entry

ABI PRISM SeqScape v2.x ix

ABI PRISM ® SeqScape®

Quick Reference Card

•ABI PRISM® SeqScape® - SeqScape

•ABI PRISM® SeqScape® Quick Reference Card -

SeqScape

•ABI PRISM® SeqScape® Training Movie - SeqScape

SeqScape PDF SeqScape

CD

Applied Biosystems

jptechsupport@appliedbiosystems.com

http://www.appliedbiosystems.co.jp

•FAQ

•

• Applied Biosystems MSDS

•PDF

•

Applied Biosystems

x ABI PRISM SeqScape v2.x

1

ABI PRISM SeqScape v2.x 1-1

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1

1-2 ABI PRISM SeqScape v2.x

Administrator

ABI PRISM® SeqScape®

2

3 2 3

4 HLA-C SeqScape®

ROI

\ / : * ? “ < > |

ABI PRISM SeqScape v2.x 1-3

HLA-C

AppliedBiosystems\SeqScape\Tutorial Data\HLA-C

1-1 1-1

3

1-1

HLA-C_Exon2-4_FASTA Library HLA-C-ex2-

4_v2_LibraryEntries.fsta

HLA-C_3100POP6_Tutorial Data**

A1

** 3 A1 A2 A3

6

A1-2F_01.ab1*†

A1-2R_02.ab1

A1-3F_01.ab1

A1-3R_02.ab1

A1-4F_01.ab1

A1-4R_02.ab1

*† A1-2F_01.ab1 2F 2

HLA-C_3100POP6_Tutorial Data

A2

A2-2F_03.ab1

A2-2R_04.ab1

A2-3F_03.ab1

A2-3R_04.ab1

A2-4F_03.ab1

A2-4R_04.ab1

HLA-C_3100POP6_Tutorial Data

A3

A3-2F_05.ab1

A3-2R_06.ab1

A3-3F_05.ab1

A3-3R_06.ab1

A3-4F_05.ab1

A3-4R_06.ab1

HLA-C_Exon2-4_GenBank Refs HLA-C-ex-2-3_AF250557.gb

HLA-C-ex-4_AJ277102.gb

1

1-4 ABI PRISM SeqScape v2.x

SeqScape Manager

1-1

ABI PRISM SeqScape v2.x 1-5

HLA-C

•

• Project Template Project Template

•

1

1-6 ABI PRISM SeqScape v2.x

2

ABI PRISM SeqScape v2.x 2-1

Project Template

Project Template . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .2-2

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Analysis Defaults . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .2-11

Display Settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-17

Project Template . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .2-18

2Project Template

2-2 ABI PRISM SeqScape v2.x

Project Template

Project Template Project

Template Project Template ABI PRISM ®

SeqScape® Project

Template

Project Template Project Template

Project Template 2-1

• RDG

• Analysis Protocol Analysis Defaults

• Display Settings

++

2-1 Project Template

Project Template 3 RDG Analysis Defaults Display Settings

Project Template Project Template

• RDG - ROI

• Analysis Defaults - Analysis Protocol Analysis Defaults

Analysis Protocol

•Display Settings - Display Settings

• Project Template - RDG Analysis Defaults

Display Settings

ABI PRISM SeqScape v2.x 2-3

SeqScape Manager

2 3 4 48 HLA-C

FASTA

Project Template RDG

SeqScape

1

1. Tools >SeqScape Manager Libraries 2-2

2-2 SeqScape Manager Libraries

2. New 2-2

3. General 2-3

a. TutorialLibrary

b. Haploid

2Project Template

2-4 ABI PRISM SeqScape v2.x

c.

2-3 Library Editor General

4. Entries Import 2-4

2-4 Library Editor Entries

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