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Thermo Fisher Scientific GeneMapper Software クイックスタートガイド

  • こんにちは！GeneMapperソフトウェアv4.0のLOH解析ユーザガイドについてのご質問にお答えします。このガイドでは、LOHマイクロサテライトデータの解析、レポート作成、データエクスポートなどについて詳しく説明しています。どのようなご質問でもお気軽にお尋ねください。
  • GeneMapperソフトウェアv4.0で、サンプルファイルの命名規則はどのようなものですか？
    LOH解析とは何ですか？
    このガイドで使用するサンプルファイルはどこにありますか？
    GeneMapperソフトウェアv3.7を使用する場合、このガイドはどうすれば使えますか？
LOH
(Loss of Heterozygosity)
LOH
(Loss of Heterozygosity)
GeneMapper® v4.0
LOH
Getting Started Guide
GeneMapper® v4.0
LOH
Getting Started Guide
LOH
(Loss of Heterozygosity)
LOH
(Loss of Heterozygosity)
ii GeneMapper® Software v4.0 LOH Getting Started Guide
© 2005 Applied Biosystems Japan Ltd. All rights reserved.
Applied Biosystems
Applied Biosystems
:
Applera Corporation
GeneMapper HID
GeneMapper HID
:
ABI Prism Applied Biosystems GeneMapper GeneScan SNaPshot AB Design Applera GeneMapper GeneScan SNPlex ZipChute
Applera Corporation
Apache Software Foundation (http://www.apache.org/) Copyright © 1999-2000 The Apache
Software Foundation.All rights reserved.
ExoLab Project (http://www. exolab.org/) Copyright 2000 © Intalio Inc. All rights reserved.
JNIRegistry is Copyright © 1997 Timothy Gerard Endres, ICE Engineering, Inc., http://www.trustice.com.
AFLP Keygene N.V
Microsoft Windows Microsoft Corporation
Oracle Oracle Corporation
Applera Corporation is committed to providing the world’s leading technology and information for life scientists. Applera Corporation consists of the Applied
Biosystems and Celera Genomics businesses.
Part Number 4363081 Rev. B
06/2005
GeneMapper® Software v4.0 LOH Getting Started Guide iii
v
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . v
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .vi
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . vii
11
LOH . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
LOH . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
GeneMapper® Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
GeneMapper v3.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
2LOH (Loss of Heterozygosity) 7
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
Kit Panel Marker . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
Table Settings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
Auto Bin Bin Set Bin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
331
Analysis Method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
4 LOH (Loss of Heterozygosity) 39
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
LOH . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
LOH . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
LOH Report Setting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
iv GeneMapper® Software v4.0 LOH Getting Started Guide
551
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
55
GeneMapper® Software v4.0 LOH Getting Started Guide v
GeneMapper® Software v4.0 LOH Getting Started Guide
Applied Biosystems Data Collection
LOH
GeneMapper
Software
GeneMapper Software
•GeneMapper® Software v4.0 Quick Installation and Administration Guide (PN 4363080)
GeneMapper Software v4.0
• Microsoft® Winows® XP
•
0 [Enter]
•
•
File Open Spot Set
View Filter View All Runs
Applied Biosystems Getting Started Guide 2
vi GeneMapper® Software v4.0 LOH Getting Started Guide
Control Console
Oracle
ID
1 96 1 Sample Entry
GeneMapper® Software v4.0 Installation and Administration Guide (PN 4363080)
GeneMapper® Software v4.0 Installation and
Administration Guide (PN 4363080)
GeneMapper® Software 4.0
Installation and Administration Guide (PN 4363080)
•GeneMapper® Software v4.0 Installation and Administration Guide – GeneMapper
Software v4.0
•GeneMapper® Software v4.0 Getting Started Guide – GeneMapper Software
5
Applied Biosystems Data
Collection LOH AFLP®
SNaPshot® SNPlex™
GeneMapper Software
•GeneMapper® Software v4.0 Online Help –
GeneMapper Software
[F1]
Help Contents and Index GeneMapper
3
•GeneMapper® Software v4.0 Quick Reference Guide –
GeneMapper Software
•GeneMapper® Software v4.0 Reference and Troubleshooting Guide –
GeneMapper® Software v4.0 LOH Getting Started Guide vii
PDF
GeneMapper Software v4.0 Documentation CD
vii
GeneMapper Software
[F1]
Help Contents and Index GeneMapper
3
Applied Biosystems
jptechsupport@appliedbiosystems.com
http://www.appliedbiosystems.co.jp Customer Support
•FAQ
•
• Applied Biosystems MSDS Certification of Analysis
•PDF
•
•
Applied Biosystems
viii GeneMapper® Software v4.0 LOH Getting Started Guide
1
L
O
H
(
Loss of Heterozygosity)
L
O
H
(Loss of Heterozy
g
osity
)
GeneMapper® Software v4.0 LOH Getting Started Guide 1
■LOH . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
■. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
■LOH . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
■GeneMapper® Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
■. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
■ . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
■GeneMapper v3.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
■. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
1
LOH
2GeneMapper® Software v4.0 LOH Getting Started Guide
LOH
STR
DNA 1
2 7 1
PCR PCR
GeneMapper
LOH TSG two-hit
TSG
2 TSG
LOH
Loss of Heterozygosity; TSG
1
LOH LOH LOH
LOH TSG DNA
LOH
LOH
2 LOH
2 1
1-1
DNA
1-1 2
GeneMapper® Report Manager
Peak Height Ratio
Peak-Height Ratio LOH
DNA
Applied Biosystems
Applied Biosystems Web www.appliedbiosystems.co.jp
1
2
1
2
1
GeneMapper® Software v4.0 LOH Getting Started Guide 3
LOH Applied Biosystems
GeneMapper® Software v4.0 Quick Reference Guide (PN 4362816)
GeneMapper
®
LOH Default Report Setting
: 1_Healthy.fsa, 1_Tumor.fsa, 2_Healthy.fsa, 2_Tumor.fsa
LOH LOH Default Report Setting
LOH GeneMapper®
LOH 45
LOH Report Setting Report Setting
: Healthy_1.fsa, Healthy_2.fsa, …,Tumor_2.fsa, Tumor_1.fsa
4 .fsa
<drive>:\AppliedBiosystems\GeneMapper\Example Data\LOH
GeneMapper®
D
PCR
GeneScan
™
500LIZ
®
ABI PRISM
®
3100
6
2LOH (Loss of Heterozygosity)
Panel Marker
bp
R5 Blue 120 – 186
R26 Blue 193 – 295
R14 Blue 300 – 470
R21 Yellow 100 – 160
R24 Yellow 170 – 250
R2 Green 157 – 204
1
LOH
4GeneMapper® Software v4.0 LOH Getting Started Guide
LOH
GeneMapper® LOH
(5)
1.
2.
LOH (Loss of Heterozygosity)
(2)
1. Kit Panel Marker
2.
3. Table Settings
4.
5. Bin Set Bin Auto Bin
(3)
1. Analysis Method Bin Set
2.
3.
LOH (Loss of Heterozygosity)
(4)
1. Genotypes LOH
2. LOH
3. LOH Report Setting
1
GeneMapper® Software
GeneMapper® Software v4.0 LOH Getting Started Guide 5
GeneMapper® Software
GeneMapper®
1. Start All Programs Applied Biosystems GeneMapper
GeneMapper 4.0
2. Login to GeneMapper
a.
b. OK
LOH
GeneMapper® Software Online Help
GeneMapper v3.7
GeneMapper v3.7
GeneMapper v3.7
GeneMapper v3.7
LOH
Analysis Method Size Standard Panel
GeneMapper®
Bin
Marker bp Bin
Marker
Bin Set
Bin ) Bin Set
Marker
bp
Panel
Marker GeneMapper® Panel Bin Set
Marker Bin
Kit
Panel
1
6GeneMapper® Software v4.0 LOH Getting Started Guide
GeneMapper® LOH
GeneMapper
LOH 2LOH
(Loss of Heterozygosity) LOH
GeneMapper
Data Collection
LOH
GeneMapper® Software v4.0 Quick Installation
and Administration Guide (PN 4363080)
GeneMapper
2
LOH (Loss of Heterozygosity)
LOH
GeneMapper
GeneMapper® Software v4.0 Quick Installation and
Administration Guide (PN 4363080)
2
LOH
(Loss of Heterozygosity)
LO
H
(Loss of Heterozygosity
)
GeneMapper® Software v4.0 LOH Getting Started Guide 7
LOH (Loss of Heterozygosity)
■. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
■Kit Panel Marker . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
■ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
■ Table Settings . . . . . . . . . . . . . . . 14
■ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
■Auto Bin Bin Set Bin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
2LOH (Loss of Heterozygosity)
8GeneMapper® Software v4.0 LOH Getting Started Guide
•KitPanel Marker
•
• Display Settings
•
• AutoBin Bin Set Bin
GeneMapper
GeneMapper® Software Online Help
• Creating a New Kit Kit
• Creating a Custom Panel
• Creating Markers Marker
• Creating a Project
• Adding Samples
• Applying Analysis Settings Analysis Settings
• Starting Analysis
• Creating a New Bin Set Bin Set
• Using the Auto Bin Function Auto Bin
Help [F1]
2LOH (Loss of Heterozygosity)
Kit Panel Marker
GeneMapper® Software v4.0 LOH Getting Started Guide 9
Kit Panel Marker
Panel Manager
•Kit – Panel
•Panel – Marker
•Marker – bp
Panel Marker Marker
Panel
Applied Biosystems Linkage Mapping Set
GeneMapper® Panel Panel
GeneMapper® Software Online Help
Kit Panel
Marker
Kit Panel Marker
1. Panel Manager Too ls Panel Manager
2. Panel Manager
File New Kit
2LOH (Loss of Heterozygosity)
Kit Panel Marker
10 GeneMapper® Software v4.0 LOH Getting Started Guide
3. New Kit Kit Name LOH Kit Kit Type
Microsatellite OK
LOH Kit
4. LOH Kit File New
Panel
5. Panel Manager New Panel Panel Name LOH Panel
[Enter]
LOH Kit LOH Panel
6. LOH Panel File New
Marker
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